Pour trouver des écosystèmes encore inexplorés, il n’est pas nécessaire d’aller étudier les fonds marins abyssaux ou le sol des planètes telluriques. L’inconnu se cache au cœur de nos intestins : plus de 100 000 milliards de bactéries s’y épanouissent, pour un poids total plus lourd que celui de notre cerveau. Aucun chercheur n’aurait imaginé, il y a quelques décennies, un univers aussi riche. Nous sommes encore loin de comprendre le fonctionnement de cet organe « étranger », dont les gènes sont 25 fois plus nombreux que les nôtres, mais nous découvrons, chaque jour, une nouvelle implication de celui-ci avec notre santé. Des implications surprenantes qui ont révolutionné notre façon de comprendre certaines maladies actuellement en pleine expansion comme l’asthme, la dépression, l’obésité, les allergies, l’autisme et les maladies auto-immunes.
Comment expliquer que des bactéries vivant dans les intestins puissent entraîner des dysfonctionnements impactant l’ensemble du corps humain ? La communauté scientifique en est désormais certaine : l’homme et son microbiote vivent en symbiose. Au fil des générations, ils ont évolué de façon très étroite au point de ne plus former aujourd’hui qu’un être hybride humain-microbes où chacun est indispensable à l’autre. L’homme ingère une quantité d’aliments qu’il ne peut pas digérer mais qui sert à nourrir des milliards de microbes dans son tube digestif. En retour, ces micro-organismes bénéfiques améliorent son espérance de vie, en augmentant le taux d’absorption des micronutriments importants, en modulant son stress ou en équilibrant son tissu adipeux. Ils aident l’homme à vivre plus longtemps et ce faisant, ils assurent leur propre survie. Plus les hommes présentent un microbiote utile et efficace, plus ils ont de chance de survivre - et donc de se reproduire - et plus ils pourront transmettre les mêmes groupes de bactéries à leurs descendants. Lors de l’accouchement, la flore intestinale de la maman est ainsi transmise intégralement au nouveau-né. C’est un mélange unique et précieux qui lui garantit une santé optimale pour démarrer sa nouvelle vie à l’air libre.
Avec le temps, l’homme a délégué de plus en plus de fonctions à cet organe hors du commun. Notre microbiote a pris en charge une partie de la maturation de notre système immunitaire : en lui apprenant à réagir de façon appropriée face à des bactéries bénéfiques ou pathogènes, il contribue à un meilleur équilibre immunitaire et à un fonctionnement optimal de nos systèmes de défense. Il s’occupe également de moduler les niveaux inflammatoires du système nerveux en communiquant en permanence avec le cerveau. Nous lui avons fait confiance sans vraiment le connaître et désormais nous ne pouvons plus nous passer de lui. Aujourd’hui, c’est un véritable problème car nous avons adopté de nouveaux modes de vie qui ne permettent plus de satisfaire ses besoins. En opérant de profonds changements dans notre alimentation, nous avons en quelque sorte rompu le contrat qui nous liait à notre microbiote. Celui-ci ne trouve plus de carburant intéressant dans les aliments que nous ingérons, ce qui l’amène progressivement à déserter nos intestins. Pire que cela, nous lui mettons des bâtons dans les roues en ingérant des aliments improbables dont les éléments non digérés vont nourrir des bactéries pathogènes concurrentes ! Ce n’est donc pas une surprise si le couple entier bat de l’aile. Le microbiote souffre et l’homme en pâtit : il devient plus sensible, moins stable, plus malade.
L’évolution de notre alimentation fragilise la survie des 100 000 milliards d’amis avec qui nous avons marché main dans la main durant des millénaires. Ces amis sont pourtant uniques : il n’existe pas deux microbiotes identiques dans le monde entier. A la naissance, nous présentons chacun une combinaison qui dépend à la fois de nos gènes et des souches que notre mère nous a transmises, mais celle-ci change avec le temps, en fonction de facteurs environnementaux tels que notre niveau d’activité physique ou notre alimentation. Autrement dit, la composition de notre microbiote n’est jamais acquise : il faut l’entretenir car elle peut se dégrader à tout moment. Lorsqu’elle se dégrade, on constate une chute de la diversité des microbes bénéfiques, mais également la présence de bactéries qu’on ne rencontre pas dans un microbiote sain. Grâce au séquençage d’ADN, les chercheurs ont mis en évidence ce type de bactéries dans les voies digestives des personnes atteintes de diabète, d’obésité ou de cirrhose. La plupart d’entre elles joueraient très probablement un rôle dans la prise de poids et les processus d’inflammation rencontrés dans de très nombreuses maladies.
"Les maladies auto-immunes et les allergies sont liées aux dérèglements intestinaux" Georges Mouton auteur d’"Ecosystème intestinal et santé optimale".
Que se passerait-il si les micro-organismes bénéfiques quittaient définitivement nos intestins ? Les chercheurs ont montré récemment que sans ces amis, un mammifère n’irait pas bien loin. Des expériences menées sur des rongeurs élevés « dans une bulle » et n’ayant jamais été en contact avec le moindre microbe (c’est à dire sans microbiote) l’ont très bien mis en évidence. Pour ces rongeurs, rien n’est facile : l’absence de bactéries les rend très vulnérables aux germes pathogènes, et rapidement, ils se trouvent rongés par les maladies, les allergies et le stress. Comme les humains, les rongeurs ont évolué en symbiose avec un groupe de bactéries bénéfiques répondant à leurs besoins et s’adaptant à leur alimentation spécifique. Ces expériences sont donc facilement transposables à l’homme. Sans microbiote intestinal, nous ne pourrions pas espérer vivre en bonne santé, et même probablement, espérer vivre tout court. Heureusement, nous n’en sommes pas là. Pour l’heure, notre microbiote est toujours en vie, mais sa composition change et la qualité des souches qui le composent se dégrade à un rythme toujours plus soutenu. Les conséquences sont déjà perceptibles et tout indique que ça n’est que le commencement :
La dégradation de notre microbiote se manifeste par le remplacement de certaines souches bénéfiques par des pathogènes mais aussi par la chute spectaculaire de la diversité des micro-organismes. Il y a encore quelques années, nous pensions qu’il fallait éviter au maximum que les bébés soient en contact avec les microbes. C’est une époque, pas totalement révolue, qui a vu grimper en flèche le nombre de césariennes, de traitements antibiotiques intensifs et de mesures d’hygiène drastiques. Aujourd’hui, nous savons que c’était une erreur dramatique : les microbiotes des nourrissons ont tardé à se diversifier et aujourd’hui, les adultes ont un système immunitaire défaillant qui encourage le développement d’innombrables pathologies. Les chercheurs ont montré scientifiquement que les mammifères élevés dans un milieu stérile développaient des allergies plus sévères que leurs homologues élevés normalement, ce qui coïncide avec une vieille observation selon laquelle les enfants qui vivent à la ferme (et qui sont aujourd’hui de moins en moins nombreux) contractent beaucoup moins d’allergies que les enfants qui vivent en ville.
Comment expliquer ce paradoxe ? C’est au cours des premières années de la vie que les microbes apprennent l’immunité à se contrôler. Ils lui enseignent très finement comment reconnaître les intrus, comment réagir de façon appropriée, comment tolérer une partie d’entre eux et combattre les autres. A leurs côtés, le système immunitaire apprend aussi à graduer ses réactions, à se montrer moins impulsif ou plus franc quand la situation l’exige. C’est un véritable entraînement à l’issue duquel l’organisme saura équilibrer au mieux ses réponses immunitaires. Plus les bactéries sont nombreuses et diversifiées, plus le niveau de l’entraînement est élevé. Dans nos sociétés modernes, ce niveau est de plus en plus bas, et les systèmes immunitaires n’atteignent jamais un degré suffisant de maturité.
Les propriétaires d’animaux de compagnie se soucient de plus en plus de la composition des croquettes qu’ils donnent à leurs fidèles complices. Sont-elles vraiment adaptées à leurs besoins ? Quelle est la part des céréales dans la composition totale ? La quantité de micronutriments correspond-t-elle à ce qu’ils mangeraient dans la nature ? De telles questions sont légitimes, surtout lorsque nous découvrons les dérives de l’industrie agro-alimentaire à destination des humains, mais elles prêtent à sourire : la plupart du temps, ces personnes ne se soucient absolument pas de l’alimentation idéale des organismes qui sont encore plus proches d’elles puisqu’ils vivent dans leurs intestins.
Pourtant, comme nos compagnons à pattes, les microbes symbiotiques ont des préférences alimentaires. La grande majorité d’entre eux se régalent de fibres alimentaires, ces longues chaînes polysaccharidiques qu’on trouve en abondance dans les fruits, les légumes frais et les céréales à grains complets. Chaque espèce dispose de ses propres enzymes pour dégrader, fermenter et utiliser l’énergie contenue dans ces fibres indigestibles pour l’organisme humain. Si vous avez un bon microbiote, ces fibres sont réduites en morceaux de plus en plus petits, de l’intestin grêle jusqu’au côlon, avant de disparaître complètement en bout de chaîne. Ôtez-les de votre alimentation, et ces bactéries quitteront peu à peu votre environnement intestinal, à votre grand désarroi. Incluez-les massivement à vos repas (mais de façon très progressive), et vous augmenterez au contraire la diversité de ces bactéries bénéfiques.
Malheureusement, les sociétés modernes conduisent davantage à la suppression des fibres dans l’alimentation humaine que l’inverse. L’effondrement des traditions culinaires, l’industrialisation de l’alimentation, le raffinage des céréales, la défection des produits végétaux frais : tout concourt à une raréfaction des fibres et à une menace sérieuse du microbiote. Et nous en rajoutons même une couche en favorisant d‘autres micro-organismes concurrents qui eux sont pathogènes.
L’exposition fréquente de notre organisme à des antibiotiques, soit du fait de traitements médicamenteux réguliers, soit indirectement par la consommation d’animaux d’élevage, perturbe gravement le microbiote. Par définition, ces médicaments entravent le fonctionnement des bactéries : à moyen terme, ils conduisent donc de façon durable, voire définitive, à l’éradication des bactéries qui peuplent notre tube digestif. Bien sûr, après la fin d’un traitement, des bactéries repeuplent les terres abandonnées, mais toutes les bactéries bénéfiques ne retrouvent pas leur place…
D’autres facteurs environnementaux favorisent des pathogènes concurrents. En dehors des athlètes et des personnes âgées, la majorité des personnes occidentales consomment beaucoup trop de protéines (en Europe, environ 1,7 fois plus que ce qui est recommandé), conséquence d’un accès presque illimité aux produits d’origine animale. Or, une partie de ces bactéries en excès ne sont ni digérées ni assimilées par l’organisme : elles sont donc encore intactes lorsqu’elles arrivent dans le côlon au contact du microbiote. Une partie des bactéries intestinales parvient à les dégrader mais cette consommation entraîne la production de deux produits toxiques pour les cellules de la muqueuse intestinale : le sulfure d’hydrogène et le p-cresol. Les deux composés peuvent passer dans la circulation sanguine et favoriser l’inflammation dans plusieurs organes comme le rein ou le foie. En consommant des protéines en excès, nous favorisons les bactéries qui en sont friandes et nous plantons un poignard dans le dos de nos alliés de toujours, les bactéries bénéfiques. Le même phénomène se produit d’ailleurs lorsque nous consommons des quantités de sucres raffinés totalement inappropriées, c’est-à-dire pratiquement tous les jours. Cette altération est dramatique puisque les mamans transmettent ensuite leur microbiote à leurs enfants : la qualité du microbiote se dégrade donc de génération en génération (20).
Comment couper court avec ces fréquentations peu recommandables qui contribuent à l’inflammation chronique et au développement de maladies ? Comme souvent en alimentation, ça n’est pas facile : des cercles vicieux se mettent en place sournoisement, sans crier gare. Ainsi, des chercheurs ont découvert que notre flair serait influencé par la nature des micro-organismes qui peuplent notre tube digestif ! Autrement dit, nos préférences alimentaires ou nos envies culinaires pourraient être en partie dictées par les milliards de bactéries qui se nourrissent des restes du repas. Si vous avez une flore intestinale de mauvaise qualité, qui s’est adaptée à une alimentation trop riche en protéines animales par exemple, vous seriez donc plus facilement disposé(e) à opter pour un menu riche en viandes simplement parce que votre microbiote vous y invite. Ces travaux fascinants ouvrent des perspectives nouvelles pour mieux comprendre les troubles du comportement alimentaire…
Le manque de maturité de nos systèmes immunitaires ne pourra pas être rattrapé. Mais il est encore temps de veiller à préserver ou à reconstituer un microbiote qui soit le plus sain possible. Deux grandes solutions existent pour y parvenir. La première, nous l’avons déjà évoqué, consiste à augmenter progressivement la quantité de fibres alimentaires (qu’on appelle également prébiotiques), tout en diminuant les sources de protéines animales et de sucres raffinés. Ce faisant, nous favorisons le développement des bactéries saines et nous affamons celles qui sont pathogènes. Il est relativement facile de trouver des aliments qui sont riches en fibres puisqu’on les trouve dans pratiquement toutes les légumineuses, ainsi que dans la quasi-totalité des fruits et légumes frais. Néanmoins, pour celles et ceux qui auraient des difficultés à consommer plus de dix fruits et légumes par jour (en raison de contraintes de temps par exemple), il est possible de recourir à des prébiotiques d’origine naturelle comme les fructo-oligosaccharides, conçus à partir de simples betteraves et suffisamment concentrés pour alimenter des millions de bactéries bénéfiques.
Une telle stratégie permet de faciliter la recolonisation de l’intestin par des bactéries bénéfiques, et notamment celles qui libèrent des acides gras à chaines courtes (butyrate et propionate). Ces composés, relativement peu connus, ont une portée exceptionnelle sur la santé. Ils expliquent une grande partie des propriétés bénéfiques allouées au microbiote. Voici une liste de leurs effets sur la santé - vous allez mieux comprendre - :
Au vu de ces propriétés remarquables, nous pourrions nous demander pourquoi ne pas consommer directement des acides gras à chaines courtes. En fait, on ne les trouve qu’en petites quantités dans des aliments qui ne sont pas forcément recommandables à long terme comme le beurre ou le fromage. Mieux vaut donc compter sur une flore intestinale stable, capable de produire ces composés en continu, à deux pas de leurs zones d’action.
A retenir : une consommation quotidienne de fibres, comprise entre 60 et 80 grammes, permet en seulement quelques mois d’accroître considérablement la diversité du microbiote et de l’enrichir en bactéries capables de libérer du propionate et de du butyrate.
La deuxième solution s’appuie sur des travaux novateurs ayant mis en lumière le pouvoir thérapeutique immense des probiotiques. Les probiotiques, ce sont des micro-organismes, souvent des bactéries, qui proviennent de certains aliments comme les yaourts laitiers ou le kefir et qui agissent favorablement sur le microbiote intestinal. Leurs effets sont transitoires : elles ne s’implantent pas réellement comme les bactéries commensales du microbiote humain mais elles favorisent le retour de celles-ci et chassent les intrus.
L’idée que les bactéries de certains aliments contribuent à notre santé n’est pourtant pas neuve ! En 1908, le savant Ilya Metchnikov affirmait déjà que l’étonnante longévité des Bulgares découlait de leur grande consommation de yaourts. Au début du siècle, ce type de produits était d’ailleurs vendu exclusivement en pharmacie… Depuis, la recherche a fait des progrès considérables grâce à des milliers d’études portant sur les probiotiques et le microbiote intestinal. Nous savons aujourd’hui que le cerveau communique en permanence avec le microbiote, et que ce dialogue est bilatéral : le cerveau envoie des messages aux micro-organismes symbiotiques, mais l’inverse est vrai également, et ces messages ont un impact sur des mécanismes physiologiques et psychologiques très variés (anxiété, dépression, troubles de l’humeur, réponses émotionnelles…). Comment des probiotiques peuvent-ils agir pour améliorer ces échanges surréalistes ? On compte 3 mécanismes distincts :
Les dernières découvertes font mention d’implications du microbiote sur la santé tout à fait étonnantes.
L’ingestion de certains probiotiques comme Lactobacillus farcimins, une bactérie lactique, permettrait de restreindre la perméabilité de la barrière intestinale, réduisant le passage dans la circulation sanguine de composés proinflammatoires. Or, ces derniers sont incriminés dans l’induction d’une neuroinflammation au niveau du cerveau, accentuant les effets négatifs du stress et augmentant considérablement le risque de maladies neurodégénératives. Cette neuroinflammation serait même directement associé au déclin cognitif !
Une étude très récente, parue en septembre 2018 dans la revue Frontiers in Immunology, a montré que la neuroinflammation liée au vieillissement et à l’alimentation provoquait la libération de substances chimiques connues pour enrayer la fonction cognitive. Or, il s’avère que le butyrate, l’un des acides gras à chaines courtes fabriqués par les « bonnes » bactéries, pouvait empêcher la libération de ces substances nocives. Et l’un des moyens les plus efficaces de jouir des effets du butyrate est de consommer plus de fibres !
« Ce que vous mangez est important. Nous savons que les séniors consomment 40 % de fibres en moins que ce qui est recommandé. Ne pas ingérer suffisamment de fibres peut avoir des conséquences négatives pour des choses que vous n’imaginez même pas, comme la santé du cerveau et l’inflammation en général. » Jeff Woods, professeur de Kinésiologie et co-auteur de l’étude.
Nous savons depuis plusieurs années que le passage de composés proinflammatoires dans la circulation sanguine est associé à l’inflammation au niveau de la peau, mais un tout autre phénomène a été avancé pour expliquer les conséquences désastreuses d’un mauvais microbiote sur le plan dermatologique. Les probiotiques et les bactéries bénéfiques modulent le système immunitaire en activant plusieurs types de cellules, comme les cellules dendritiques, les lymphocytes T et les cellules NK. Or, ces cellules, qui sont anormalement réduites chez les animaux dépourvus de flore intestinale, contribuent à une augmentation de la production d’interleukine 10 (IL10) (9-10), une cytokine à fort pouvoir anti-inflammatoire sécrétée par l’organisme en réaction à plusieurs conditions pathologiques comme l’eczéma ou la dermatite. Les chercheurs ont des doutes sur le lien entre microbiote et troubles de la peau depuis qu’ils ont remarqué que les troubles du transit et les pathologies intestinales comme la maladie de Crohn ou le syndrome de l’intestin irritable s’accompagnent très souvent de manifestations dermatologiques.
C’est sur la base de ces travaux très récents que de nouveaux probiotiques ont vu le jour au cours des derniers mois. Parmi ces derniers, il faut compter sur Derma Relief, une formule contenant 4 souches de probiotiques sélectionnées pour leur intérêt vis-à-vis de la peau (Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus plantarum et Bifidobacterium lactis). Ces souches, destinées à coloniser l’intestin, ont été étudiées par le docteur Meneghin dans le cadre d’une analyse de 37 essais cliniques portant sur l’intérêt des probiotiques oraux sur le plan dermatologique : elles se sont montrées efficaces en prévention comme en traitement !
Avec le séquençage récent du génome humain et l’identification des gènes de prédisposition, nous avons déjà fait un grand pas vers la médecine de demain. Il ne reste plus qu’à comprendre dans son intégralité cet univers fascinant qu’est le microbiote et à produire des bactéries humaines sur-mesure pour prévenir et traiter toutes les pathologies citées dans cet article. Le défi sera ensuite d’industrialiser leur production et de les mettre en poudre, car ces bactéries sont très sensibles à l’oxydation. Une première étape a déjà été franchie par A-Mansia, une spin-off biotechnologique fondée par deux universités, avec le développement d’un complément alimentaire à base d’Akkermansia, l’une des nombreuses espèces de bactéries qui composent notre microbiote intestinal. En attendant le résultat des premiers essais cliniques, il faudra toujours compter sur les probiotiques d’origine alimentaire (une liste figure à la fin de cet article) dont les effets bénéfiques sont toujours plus nombreux. Ils représentent les prémisses d’une médecine qui prend enfin en compte le fait que l’homme et son microbiote sont une symbiose essentielle au maintien de la santé et du bien-être. Une véritable révolution est en train de naître…
Ceux qui devraient relire l’article une seconde fois :
Liste des probiotiques
Pour les troubles intestinaux : Lactobacillus gasseri
Pour les troubles inflammatoires et les allergies : Probio Forte™ (Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus casei , Lactobacillus plantarum, Lactobacillus lactis)
Pour les problèmes dermatologiques : Derma Relief (Lactobacillus casei, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus plantarum, Bifidobacterium lactis)
Les points de l'article à retenir :
Références
Stephanie M. Matt, Jacob M. Allen, Marcus A. Lawson, Lucy J. Mailing, Jeffrey A. Woods, Rodney W. Johnson. Butyrate and Dietary Soluble Fiber Improve Neuroinflammation Associated With Aging in Mice. Frontiers in Immunology, 2018; 9 DOI: 10.3389/fimmu.2018.01832Un complément de fibres naturelles (fructo-oligosaccharides)
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www.supersmart.comLactobacillus gasseri : le probiotique « minceur » le plus renommé
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